Роуз ДаСилва, несмотря на возражения своего мужа Кристофера, решила отвезти свою приёмную дочь в заброшенный город Сайлент Хилл, который Шэрон видит во время припадков из-за приступов лунатизма. По дороге их преследует патрульная полицейская Сибил Беннет, которая подозревает, что Роуз — преступница.

При въезде в город из-за странной фигуры, внезапно появившейся на дороге, Роуз попадает в аварию. Мотоцикл Беннет также врезается в ограждение. Очнувшись после удара, Роуз обнаруживает, что Шэрон исчезла. Главная героиня идёт искать свою дочь и встречается с монстрами — Пепельными детьми, из-за чего теряет сознание. Очнувшись, она пытается выйти за черту города, но замечает, что на месте дороги образовался огромный обрыв, который нельзя преодолеть. Её обнаруживает Беннет. Сначала она пытается арестовать Роуз, но встретившись с Безруким, плюющимся кислотой, понимает, что им придётся действовать сообща.

Вернувшись в город и обнаружив рисунки из альбома Шэрон, они находят общину религиозных фанатиков, возглавляемых Кристабеллой, которые убеждены, что только непоколебимая вера способна спасти их от ужасов и гибели. Члены общины пытаются помочь Роуз найти её дочь, но со временем героиня понимает, что именно Кристабелла виновна в участи, постигшей город много лет назад. Алесса Гиллеспи, дочь Далии, была школьным изгоем, и все сектанты были убеждены, что девочка — ведьма. Они попытались «очистить» её огнём. Во время ритуала девочка получила сильные ожоги, но выжила, а в городе возник подземный пожар. Алесса разделила себя на две половины: самую светлую в виде новорождённой девочки она отдала в приют округа Толука. Её темная половина продолжала терроризировать город, создав некое подобие альтернативной реальности.

Кристофер ДаСилва приезжает в Сайлент Хилл, где пропали его жена и дочь. Вместе с инспектором Томасом Гуччи они исследуют город. Роуз и Сибил, находясь в Мидвичской школе, спасаются от Красной Пирамиды и прочих существ. В это время поисковая группа, обследовав школу, ничего не находит. Кристофер вламывается в закрытый архив, где хранятся полицейские протоколы из Сайлент Хилла, и узнаёт, что его приёмная дочь невероятно похожа на Алессу Гиллеспи, которую Томас когда-то спас от смерти на раскалённых углях общины. В приюте, куда подкинули много лет назад Шэрон, ему отказываются рассказать об обстоятельствах появления девочки. Томас вынуждает его вернуться домой и обещает, что для спасения его родных будет предпринято всё возможное.

Кристабелла случайно видит медальон Роуз с портретом Шэрон и узнаёт в ней Алессу. Она начинает преследовать Роуз и Беннет. Беннет попадает в руки фанатиков, которые сжигают её заживо. В это время Роуз пробивается через старый госпиталь, заселённый монстрами-медсёстрами, где находит тёмную половину Алессы. Последняя рассказывает Роуз причины происходящего в Сайлент Хилле и предлагает сделку: главная героиня помогает ей проникнуть в собор, где запираются на время тьмы сектанты, а она взамен помогает спасти Шэрон.

Тем временем Кристабелла готовит огненное аутодафе и для Шэрон, которую она обнаружила прячущейся у Далии. Роуз приходит в собор перед сожжением дочери. Протагонистка, пробиваясь сквозь толпу фанатиков, пытается донести до Кристабеллы, что её Апокалипсис — выдумка, что мир продолжает существовать, и только она виновата в проклятии, постигшем Сайлент Хилл. Кристабелла ударяет Роуз ножом. В этот момент тьма выходит из её раны, и тем самым зло пробирается в собор. Появляется Алесса и Тёмная Алесса. Алесса, прикованная к кровати, убивает всех выживших горожан с помощью колючей проволоки, но не трогает свою мать Далию, Роуз и Шэрон. Перед Шэрон возникает Тёмная Алесса и улыбается.

Далия остается в церкви, а Роуз и Шэрон уезжают. Расщелина на въезде в город исчезает, но за ними следует городской туман. Роуз звонит Кристоферу и говорит, что возвращается домой. Однако Кристофер слышит лишь помехи. Вернувшись в дом, они обнаруживают, что он пуст. Кристофер, также проснувшись в доме, видит открытую дверь, но выйдя на террасу, никого не находит.

После событий первого фильма Роуз ДаСилва и её приёмная дочь Шэрон остались в туманной реальности. Роуз смогла передать своему мужу Кристоферу Шэрон с помощью печати Метатрона, а сама остаётся в туманном мире. У Шэрон не осталось воспоминаний о поездке в Сайлент Хилл, и Кристофер сказал ей, будто бы Роуз погибла в автокатастрофе.

Спустя годы, Кристофер и Шэрон живут под именами Гарри и Хизер Мейсон соответственно. Им приходится регулярно менять место жительства, чтобы спрятаться от секты. Меж тем самой Хизер в кошмарах снится Сайлент Хилл и её демоническая вторая половина — Алесса. По пути в очередную новую школу с Хизер попытался переговорить Дуглас Картланд, частный детектив, нанятый сектой, но главная героиня от него убегает. В школе, в своем классе, она знакомится с новичком Винсетом. В школе Хизер видит кошмарный потусторонний мир, после которого встречает Винсента. Меж тем после уроков, Дуглас снова преследует Хизер, и она сообщает об этом своему отцу по телефону, договариваясь встретиться с ним в торговом центре. Сразу же после телефонного разговора Гарри похищают. В торговом центре, где Хизер ждала Гарри, снова происходит переход в кошмарный потусторонний мир с монстрами, где один из монстров убивает Дугласа, когда он пытается предупредить Хизер об опасности. После возвращения в основную реальность Хизер выбегает из торгового центра в тот момент, когда полиция вывозит труп Дугласа. Около выхода из торгового центра Хизер встречает Винсета.

Хизер в сопровождении Винсента возвращается домой, где находит нарисованный на стене оккультный символ и написанное на стене сообщение «Отправляйся в Сайлент-Хилл». Взяв первую половину печати Метатрона, Хизер с Винсентом отправляются в Сайлент Хилл. По пути Хизер читает исследования Гарри Мейсона, касающиеся секты, и узнаёт, что она является инкарнацией Алессы Гиллеспи. По дороге они делают остановку в мотеле, где Винсент говорит ей, что он сын Клаудии Вульф, верховной жрицы Ордена Валтиэля — секты, когда-то правившей Сайлент Хиллом. Но теперь, когда Алесса вернулась, они вынуждены прятаться от нее в подземельях. А Хизер — единственных шанс уничтожить демона и освободить секту. Винсента послали, чтобы он привёл Хизер к секте, но он не хочет этого делать, так как она является светлой стороной Алессы. И что помочь Хизер может его дедушка — Леонард Вульф, который находится в психиатрической больнице. В этот момент происходит переход в потусторонний мир, Винсента похищает монстр, а Хизер теряет сознание.

Придя в себя, Хизер отправляется в Сайлент Хилл. В Сайлент-Хилле Хизер встречает Далию Гиллеспи, мать Алессы. Она объясняет, что тёмная сторона Алессы контролирует город. Хизер укрывается в одном из зданий и понимает, что она попала в ловушку некоего существа. Она помогает девушке по имени Сьюки, однако, монстр все равно забирает ее. Тем временем, Клаудия объявляет Винсента предателем, она приказывает отправить его в психиатрическую больницу, кишащую монстрами, на «лечение».

Хизер так же направляется в лечебницу. Она подвергается нападению какого-то чудовища и убивает его. Она находит палату Леонарда. Однако, он слеп и не совсем вменяем. Мужчина говорит ей, что его упекла в больницу его родная дочь, которая, по его словам, «еще хуже». Хизер протягивает ему печать в надежде, что он поможет ей. Он говорит, что это ключ, который открывает истинную природу вещей. Девушка спрашивает, где вторая половина. Старый Леонард говорит, что вторая половина спрятана в нем, и протыкает себе ею живот. Две половинки воссоединяются и он превращается в монстра. Хизер удается убить его, но она сталкивается с новой проблемой — пациентами, которые пытаются задушить девушку сквозь прутья камер. Однако, неожиданно появляется Пирамидоголовый и рубит им руки. Хизер он не трогает. Она находит Винсента, который находится в комнате, наполненной медсестрами, реагирующими на любой звук. Те люди, которые привезли его сюда, мертвы. Она помогает освободится ему с условием, что он поможет ей найти ее папу.

Хизер и Винсент направляются в парк Лейк-Сайд. Там их встречает Братство — самые верные слуги ордена. Винсент отвлекает сектантов, и Хизер пробирается в парк развлечений, где она наконец-таки находит тёмную Алессу, и воссоединяется с ней. Найдя наконец-таки похитивших Гарри сектантов, Хизер узнаёт, что ей приготовлена участь быть временным пристанищем для новорожденного бога, в которого свято верят члены Ордена. Клаудия требует у девушки печать. Хизер протягивает ее ей со словами: «Я хочу увидеть твою истинную природу.» Прикоснувшись к амулету, Клаудия превращается в монстра, который убил Дугласа. Она пытается напасть на Хизер, но Пирамидоголовый вовремя успевает вмешаться. Начинается яростная битва, из которой последний выходит победителем, отрубив Клаудии голову.

На окраине Сайлент-Хилла Винсент замечает, что пепел с неба перестал сыпаться. Винсент и Хизер покидают туманный Сайлент-Хилл, а Гарри решает остаться, чтобы искать Роуз.

Идя прочь от Сайлент Хилла, Винсент и Хизер останавливают грузовик с водителем Трэвисом, который говорит, что давно не был в этих краях. При знакомстве с ним Хизер представляется своим настоящим именем — Шэрон. Они просят увезти их подальше от Сайлент-Хилла. А навстречу им едут несколько полицейских машин и автобус, въезжая в туманный Сайлент-Хилл.